Obwohl der Europäische Haftbefehl die Auslieferung innerhalb der Mitgliedsstaaten vereinfacht und verkürzt, werden nach der Rechtsprechung die Zulässigkeits-/ Bewilligungshindernisse sehr genau geprüft.
Obwohl der Europäische Haftbefehl ein Haftverfahren in Gang setzt, muss das deutsche Gericht während des laufenden Verfahrens nicht zwangsläufig inhaftieren. Oft übergeben die Staaten (obwohl sie dies nicht zwingend müssen) auch ihre eigenen Staatsbürger dennoch für ein Strafverfahren im Ausland – um diese dann zur Strafvollstreckung wieder ins eigene Land rückführen zu lassen.
Im Unterschied zum Auslieferungsverfahren gegenüber Nicht-EU-Staaten wird auf das Bewilligungsverfahren verzichtet, es findet eine direkte Zusammenarbeit der Justizbehörden ohne Inanspruchnahme des diplomatischen Weges statt. Es liegen verkürzte Übergabefristen vor. Auch wird das Prinzip der gegenseitigen Anerkennung von gerichtlichen und außergerichtlichen Entscheidungen durchgeführt: Wird ein EUHB in einem Mitgliedsstaat erlassen, ist er in jedem anderen Mitgliedsstaat zu vollstrecken – sofern nicht bestimmte Ablehnungsgründe greifen. Auf das Erfordernis einer beiderseitigen Strafbarkeit wird weitgehend verzichtet. Es werden Hilfsinstrumente und Hilfsorgane wie Eurojust, SIS, Europäisches Justizielles Netz eingebunden.